提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
口腔种植体系统集采拟中选结果产生 平均降价55%******
光明日报北京1月11日电 记者邱玥从国家医保局获悉,口腔种植体系统集中带量采购于11日产生拟中选结果,拟中选产品平均中选价格降至900余元,与集采前中位采购价相比,平均降幅55%。预计2023年3月下旬到4月中旬,种植牙费用综合治理结果落地实施,患者将全面享受到降价后的种植牙服务。
本次集采在国家医保局指导和协调下,由四川省医保局牵头形成口腔种植体系统省际采购联盟,全国各省份均积极参加。共汇聚全国近1.8万家医疗机构的需求量,达287万套种植体系统,约占国内年种植牙数量(400万颗)的72%,预计每年可节约患者费用40亿元左右。
据国家医保局有关负责人介绍,本次集采共有55家企业参与,其中39家拟中选,中选率71%。中选企业既包括一些知名国际企业,也包括威海威高、常州百康特等国内企业。集采前价格较高的士卓曼、登士柏、诺保科种植体系统从原采购中位价5000元降至1850元左右,市场需求量最大的奥齿泰、登腾种植体系统从原采购中位价1500元左右降至770元左右,中选产品丰富,实现与临床需求的良好匹配;纳入了四级纯钛及钛合金2种材质性能更好、临床认可度更高的种植体,并覆盖了口腔种植体其他耗材部件,能够满足绝大多数临床使用需求。1.4万家民营医疗机构积极参加此次集采,占医疗机构总数的80%。民营医疗机构的广泛参与将大大方便群众享受价格适宜的种植牙服务。
下一步,医保部门将做好集采中选结果落地实施前的准备工作,近期还将对种植牙过程中配套使用的牙冠耗材开展竞价挂网,同步落实口腔种植医疗服务价格全流程调控,使种植牙服务的三类主要费用构成同步下降。
《光明日报》( 2023年01月12日 10版)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)